По словам доктора географических наук, директора Дальневосточного НИИ комплексного использования и охраны водных ресурсов Николая Бортина, из-за активного освоения берегов бухты Золотой Рог человеком её площадь с конца XIX века до нашего времени сократилась почти на 20 %.
Как считает главный научный сотрудник Тихоокеанского океанологического института ДВО РАН, доктор биологических наук, председатель Координационного совета по проблемам экологии Приморского края Владимир Раков, на экосистему бухты оказывают влияние не только различные стоки, но и появившиеся во Владивостоке мосты, которые изменили гидрологический режим акватории, что сказалось на путях миграции рыб и беспозвоночных.
Тем не менее имеющаяся в Золотом Роге биота достаточно эффективно утилизирует попадающие в воду органические загрязнения, за счёт чего бухта самоочищается, но нужно помочь.
Бороться с нефтяным загрязнением можно при помощи мидий, поглощающих соответствующие химические соединения. Для этого в наиболее загрязнённых точках бухты необходимо установить особые мобильные сооружения с коллекторами, наполненными мидиями.
Администрация Приморья намерена к середине 2019 года полностью прекратить сброс неочищенных стоков в бухту. Уже к концу 2018 года планируется очищать до 95 % стоков.