Ценные виды водных разделены на четыре раздела: рыбы, ракообразные, моллюски и иглокожие.
В список ценных видов рыб вошли: белорыбица, камбала-калкан, камбала-тюрбо, кижуч, кумжа (форель)1, кутум, лосось атлантический (семга)1, лосось (озерный)1, микижа (пресноводная жилая форма)1, муксун, нельма1, нерка, омуль арктический, омуль байкальский, сиг1, судак, сима, стерлядь1, таймень1, угорь речной, чавыча и чир.
К ценным видам ракообразных причислены: артемия, артемия (на стадии цист), краб волосатый четырехугольный, краб камчатский, краб колючий, краб синий, краб-стригун бэрди, краб-стригун красный, краб-стригун опилио, краб равношипый, креветка травяная и креветка гребенчатая.
К ценным видам моллюсков отнесены: анадара, морские гребешки (хламисы, приморский, свифта, японский), трубачи.
Ценные видов иглокожих – трепанг дальневосточный и морской еж серый.
Примечание: значек 1 – за исключением видов водных биологических ресурсов, включенных в Перечень (список) объектов животного мира, занесенных в Красную книгу Российской Федерации, утвержденный приказом Госкомэкологии России от 19 декабря 1997 года № 569 «Об утверждении перечней (списков) объектов животного мира, занесенных в Красную книгу Российской Федерации и исключенных из Красной книги Российской Федерации», с изменениями, внесенными приказом Госкомэкологии России от 5 ноября 1999 г. № 659, приказом Минприроды России от 9 сентября 2004 г. № 635, приказом Минприроды России от 28 апреля 2011 г. № 242.