Смоленка берет начало в реке Малой Невке, рукаве дельты Невы, протекает между Васильевским островом и островом Декабристов, впадает в Невскую губу Финского залива Балтийского моря. За долгую историю река несколько раз меняла название: Мякуша, Чёрная, Глухая. «Смоленкой» река стала в 20 веке. Это название связано со Смоленским кладбищем, рядом с которым она находится.
Русло Смоленки не расчищали 15 лет, из-за этого уменьшилась глубина и снизилась проточность.
За два года на участке от Наличного моста до истока реку избавили от донных отложений и затопленных предметов - бочек, канистр, дорожных знаков и даже одного мотоцикла.