Эта служба института обеспечивает оперативную научную поддержку рыбоохранным и правоохранительным органам.
Сотрудники обследуют уловы и орудия лова, совместно с сотрудниками полиции и рыбоохраны проводят рейды по охране водных биоресурсов.
Расчеты ущерба водным биологическим ресурсам, которые производят сотрудники «АзНИИРХ», становятся основанием для наказания браконьеров, вменения им штрафов за нанесенный вред.
В службы госмониторинга института 15 постов на территории 7 субъектов РФ, которые оперативно осматривают незаконные уловы и орудия лова, дают заключения о соблюдении Правил рыболовства и водопользования.
Только по трем случаям в феврале 2019 г., с участием специалистов института, за незаконный лов было оформлено штрафов на сумму 194 тыс., 101 тыс. и 133 тыс. руб.