Изначально планировалось, что завод будет работать с водными биоресурсами реки Кемь. Однако, ввиду того, что река была перекрыта в 1966 году и к началу деятельности завода стадо Кемской семги практически перестало существовать, завод начал специализироваться на семге реки Колы Мурманской области и работал с ней до 1989 года.
Подросшую рыбу выпускали в реки Поньгома, Шуя, Кереть, а с 1995 года начались работы по вылову производителей на реке Кемь.
В 1990 году в связи с закрытием Петрозаводского рыбоводного завода функции по выращиванию Шуйского лосося перешли на Кемский завод, с которыми он благополучно справляется и по настоящее время.
С 1978 по 2020 гг. в реку Кемь выпущено более 3,5 млн. штук лосося атлантического (семги).
С 1990 по 2020 гг. выпущено более 4 млн. штук Шуйского озерного лосося.
Всего за годы работы Кемского лососевого рыбоводного завода в водоемы Республики Карелия было выпущено около 13 млн. штук плановой и внеплановой молоди: лосося атлантического (семга) в реки Кемь, Кереть, Сума, Паньгома, Воньга, Кузема; лосося озерного в реки Шуя, Суна, Лососинка, Сяпся; палии в Ладожское, Онежское озера и Топозеро – сообщили в Главрыбводе.